Po trzech latach gry w Stali jego kontrakt wygasał po sezonie 2006/2007, w którym Stal została zdegradowana z III ligi. Udane występy zaowocowały zainteresowaniem ze strony klubów z wyższych lig. Ostatecznie po udanych testach i zgodzie klubu z Sanoka, w połowie 2007 dokonano transferu Pietrzkiewicza do Polonii WarszawaWarszawa.. Zawodnik podpisał kontrakt ze stołecznym klubem w lipcu 2007. W nowej drużynie został zmiennikiem pierwszego bramkarza Czarnych Koszul, Radosława Majdana. W klubie trenował pod okiem Jarosława Bako. W sumie rozegrał trzy mecze w najwyższych rozgrywkach (dwa w Pucharze Polski i jeden ligowy), a poza tym występował w zespole Młodej Ekstraklasy oraz w ramach Pucharu Ekstraklasy.
W trakcie sezonu 2008/2009 w styczniu 2009 powrócił do Stali Sanok. W tym sezonie sanocka drużyna ponownie udanie występowała w Pucharze Polski i osiągnęła największy sukces w historii klubu tym razem docierając do 1/4 finału Pucharu Polski edycji 2008/2009. W tej fazie Stal uległa w dwumeczu Legii Warszawa (1:3 i 1:1), a Pietrzkiewicz wraz z drużyną ponownie zaliczył udane występy w rywalizacji z utytułowanym klubem.