9 lipca 2011 roku o godzinie 0:00 czasu lokalnego (8 lipca 23:00 czasu polskiego) proklamowano niepodległość. 14 lipca 2011, jako 193. członek, Sudan Południowy został jednogłośnie przyjęty w skład Organizacji Narodów Zjednoczonych. 28 lipca 2011 roku został także przyjęty do Unii Afrykańskiej. Po uzyskaniu niepodległości napięcie między Sudanem a Sudanem Południowym nie ustąpiło. Przedmiotem sporu są złoża ropy naftowej, które stanowiły znaczny dochód Sudanu, a których większość po secesji Sudanu Południowego znajduje się na terytorium nowo powstałego państwa.
Oba kraje były w stanie konfliktu i oskarżały się nawzajem o wspieranie rebeliantów działających na pograniczu państw. Ponadto Sudan Południowy był pogrążony w konfliktach etnicznych.
Szansą na pojednanie między sąsiadami był pakt o nieagresji podpisany przez oba kraje 10 lutego 2012. Jednakże z biegiem czasu okazał się on niewiążący.