W tym czasie Muthesius rozpoczął też działalność jako publicysta, łącznie napisał około 500 książek i artykułów. Po powrocie w 1904, aż do przejścia na emeryturę, Muthesius pracował w pruskim Ministerstwie Handlu, odpowiedzialny za reformę szkół rzemiosła i szkół zawodowych. Jednocześnie rozpoczął działalność architektoniczną. Zapoznawszy się z postępowymi ruchami w Wielkiej Brytanii, stał się jednym z najważniejszych działaczy niemieckiej nowoczesnej architektury przed I wojną światową. Zbudował około 100 domów jednorodzinnych, zwykle opartych na angielskich wzorcach. W latach 1904–1905 opublikował trzytomowe dzieło Das englische Haus (pol. Dom angielski).
W 1907 podczas wykładu Muthesius opowiedział się za odrzuceniem ograniczeń stylowych i przesadnego zdobnictwa drugiej połowy XIX wieku. Wzburzeni kupcy i fabrykanci domagali się zwolnienia Muthesiusa. W wyniku zaistniałego skandalu i zintensyfikowanych dyskusji, postępowi artyści założyli jako wyraz solidarności z ideami Muthesiusa, Deutscher Werkbund. W Werkbundzie Muthesius stał się z czasem jednym z bardziej konserwatywnych członków, deklarując się przeciwko typizacji budownictwa. Po I wojnie światowej stał się wrogiem nowej architektury (niem. Neues Bauen), również w środowisku Bauhausu stał się persona non grata.
W 1927 r.