W październiku 1998 zrezygnowała z funkcji ministra, aby objąć stanowisko sekretarza generalnego Delhi. Jej partia IPL przegrała jednak wybory regionalne i Swaraj powróciła do polityki krajowej. Stała się szerzej znana po kampanii wyborczej w okręgu Bellary (w którym Kongres nie przegrał żadnych wyborów od odzyskania przez Indie niepodległości) w stanie Karnataka z liderem IKN, Sonią Gandhi. Ostatecznie Swaraj przegrała z niewielką stratą do zwycięskiej Gandhi, jednak już rok później zwyciężyła w wyborach do Rajya Sabha i została ministrem w rządzie Vajpayee. Funkcję ministra (najpierw Informacji i Telekomunikacji, później Zdrowia, Dobrobytu Rodziny i Spraw Parlamentarnych) pełniła, aż do przegranych wyborów przez Narodowy Sojusz Demokratyczny (do której należała jej partia) w 2004 roku. W kwietniu 2006 ponownie dostała się do Rajya Sabha (tym razem ze stanu Madhya Pradesh) gdzie została wiceprzewodniczącym partii. W 2009 roku w okręgu Vidisha w Madhya Pradesh po raz trzeci wygrała wybory do Lok Sabha otrzymując poparcie 78,8% wyborców okręgu. W grudniu 2009 roku została liderem opozycji w Lok Sabha po tym, jak poprzedni lider Advani zrezygnował z tego stanowiska z powodu porażki wyborczej.