Był drobny jak na swój wiek i nie umiał się odnaleźć w nowym środowisku. Jego edukacja zakończyła się na siódmej klasie. Pomimo bycia analfabetą, jego iloraz inteligencji wynosił 109. Pierwszy raz trafił do zakładu poprawczego (za kradzież), gdy miał 9 lat. Następnie większość życia spędzał w więzieniach, skazywany za drobne przestępstwa (kradzieże, wyłudzenia). W krótkich przerwach między kolejnymi aresztowaniami (kilkakrotnie uciekał z więzienia) nagrywał muzykę i zajmował się stręczycielstwem, za co został aresztowany w 1960 i skazany na siedem lat pozbawienia wolnościRay Black, Tajne kulty zła, Warszawa 2010, s. 113.. Grupa religijna „Rodzina” Po wyjściu z więzienia w 1967 założył grupę religijną „Rodzina” () i stał się jej przywódcą.
Życie grupy koncentrowało się głównie wokół przepowiedni o zbliżającym się Armagedonie. Manson straszył członków grupy nadchodzącą czarnoskórą rewoltą, w czasie której zostanie dokonana rzeź białych. W tym czasie członkowie grupy religijnej mieli się ukryć w Dolinie Śmierci, a następnie wyjść z ukrycia, by odebrać im władzę i uczynić ich niewolnikami.