Stosowana zasada nie może ulegać substytucji nukleofilowej lub addycji do karbonylowego atomu węgla. Do często stosowanych w tej reakcji zasad należą alkoholany np. etanolan sodu. By zapobiec wystąpieniu niekorzystnej transestryfikacji, wybiera się alkoholan tożsamy z odchodzącą grupą alkoksylową. Stosuje się równoważną molowo ilość alkoholanu, a nie ilość katalityczną, gdyż utworzenie anionu enolanowego zachodzi tylko, gdy alkoholan zostanie podany w ilości gwarantującej usunięcie obu α-protonów. W mieszanej kondensacji Claisena jako zasady można użyć diizopropyloamidku litu (LDA). Podczas kondensacji estrów o rozgałęzionym łańcuchu węglowym niezbędne jest zastosowanie silniejszej zasady, np. trifenylometylosodu lub wodorku sodu.
Grupa alkoksylowa estru poddawanego kondensacji powinna być grupą łatwo opuszczającą o niewielkiej masie cząsteczkowej. Najlepiej opuszczającą powstały addukt grupą jest grupa metoksylowa lub etoksylowa.
Przykładem kondensacji Claisena jest synteza acetylooctanu etylu (2) z octanu etylu (1);