Pod koniec lat 90. XX wieku i na początku XXI wieku klub występował w kieleckiej lidze okręgowej. W sezonie 2003/2004, w którym odniósł 25 zwycięstw, zajął pierwsze miejsce w V lidze. W kolejnych rozgrywkach piłkarze z Buska toczyli zaciętą rywalizację o awans z GKS Nowiny, Ponidziem Nidą Pińczów i Piaskowianką PiaskiS. Piasta, op.cit., s. 75.. Ostatecznie AKS, który odniósł kilka okazałych zwycięstw (m.in. 4:0 z Orlętami Kielce i 5:2 z Czarnymi Połaniec), uplasował się w tabeli na pierwszej pozycji, wywalczając promocję do III ligi.
W debiucie w III lidze AKS 7 sierpnia 2005 roku zremisował 0:0 w meczu wyjazdowym z Pogonią Leżajsk. Pierwsze zwycięstwo odniósł w następnym spotkaniu – 14 sierpnia wygrał 3:1 z Avią Świdnik. Po zwycięstwie 2:0 z Tłokami Gorzyce w kolejnym pojedynku, klub z Buska plasował się na pierwszej pozycji w tabeli. W kolejnych meczach spisywał się słabiej i rundę jesienną zakończył na 14. miejscu. Zmagania wiosną piłkarze AKS rozpoczęli nie najlepiej, ale w dalszej fazie rozgrywek odnieśli cztery cenne zwycięstwa (2:1 z Pogonią Leżajsk, 2:1 w Zamościu z Hetmanem, 2:1 w Rzeszowie ze Stalą, 1:0 z Tłokami Gorzyce) i w ostatecznym rozrachunku zajęli 12. lokatęS. Piasta, op.cit., s. 84..