W I rundzie pokonała Czuwaj Przemyśl (34:33; 36:24), zaś w II rundzie, której spotkania odbyły się 2 i 6 maja 2012, zwyciężyła Piotrkowianina Piotrków Trybunalski (37:29; 32:35), wywalczając awans do najwyższej klasy rozgrywkowej.
W Superlidze Pogoń Szczecin zadebiutowała 9 września 2012, przegrywając z Chrobrym Głogów (22:28). Pierwsze zwycięstwo odniosła 15 września 2012, wygrywając z Piotrkowianinem Piotrków Trybunalski (33:28). Rundę zasadniczą debiutanckiego sezonu 2012/2013 Pogoń zakończyła na 7. miejscu w tabeli z dorobkiem 18 punktów w 22 meczach (osiem zwycięstw, dwa remisy i 12 porażek). W 1/4 finału play-off przegrała z Wisłą Płock (28:32; 29:40). Następnie przystąpiła do gry o miejsca 5–8. W I rundzie uległa NMC Powenowi Zabrze (28:29; 33:35), zaś w rywalizacji o 7. pozycję pokonała Piotrkowianina Piotrków Trybunalski (35:36; 41:32). W rundzie zasadniczej sezonu 2013/2014 Pogoń wygrała 12 meczów, dwa zremisowała, a osiem przegrała. Z 4. pozycji w tabeli przystąpiła do gry w fazie play-off – w ćwierćfinale przegrała z Azotami-Puławy (35:24; 30:32; 23:30), następnie pokonała MMTS Kwidzyn (25:31; 27:18), a w rywalizacji o 5. miejsce uległa Stali Mielec (24:32;