Gdy w 1954 roku powstała Akademia Teologii Katolickiej, przez dwa lata był dziekanem Wydziału Teologicznego, następnie przez trzy kolejne kadencje, w latach 1956–1965, sprawował funkcję rektora uczelni.
W latach 1949–1964 był redaktorem naczelnym kwartalnika Collectanea Theologica.
Ksiądz Kwiatkowski wziął udział w zjeździe duchowieństwa zorganizowanym 12 grudnia 1952 roku we Wrocławiu przez władze komunistyczne, w czasie którego główny referat, bardzo krytycznie oceniający działania Episkopatu Polski, a zwłaszcza Prymasa Polski Stefana Wyszyńskiego (który kilka miesięcy później został uwięziony), wygłosił ks. prof. Eugeniusz Dąbrowski. W późniejszych latach współpracował z Prymasem przy wyprowadzaniu Akademii Teologii Katolickiej z kryzysuPor. R. Bartnicki, "Ks. Profesor Wincenty Kwiatkowski - rektor walki o przetrwanie ATK", w: "Ksiądz Rektor Wincenty Kwiatkowski. Uczony i Człowiek", Z. Falczyński (red.), Warszawa 2002, 41-48..
Ksiądz arcybiskup Józef Michalik tak wspominał księdza Kwiatkowskiego:
Pod jego kierunkiem stopień naukowy doktora uzyskał w 1959 Jerzy Nosowski.
Niektóre prace Książki Apologetyka totalna, w dwóch tomach, PAX, 1956, 1962 Przedmiot i metody apologetyki nowoczesnej, ATK, 3 wydania (wydanie 3.