W IV stuleciu miasto stało się stolicą chrześcijańskiej diecezji Tongeren (jednej z pierwszych w Niderlandach), na czele której stał św. Serwacy, późniejszy biskup Maastrichtu.
Średniowiecze W tej epoce miasto nawiedzały rozmaite klęski, m.in. niszczone było przez napaści Franków i wikingów. Okres merowiński (V–VII wiek) nie jest dobrze udokumentowany. Budowa nowego kościoła i ufundowanie kapituły kanoników miało miejsce w czasach Karolingów – obecną bazylikę zbudowano w miejscu, w którym znajdował się dawny dom biskupi. Budowę tej świątyni pw. NMP (Onze Lieve Vrouw) rozpoczęto na początku XIII wieku. W tym samym czasie wzniesiono też nowe mury obronne, ratusz, kilka innych kościołów i klasztorów, w tym beginek. Będące własnością biskupów Liège miasto stało się najważniejszym w ich diecezji, odtąd rozwijając się i przyciągając kupców i rzemieślników.
Czasy nowożytne W 1677 Tongeren zostało niemal zrównane z ziemią przez wojska Ludwika XIV. W XVIII w. podczas hiszpańskiej oraz austriackiej wojny o sukcesję, kontynuowano odbudowę miasta. Pod koniec tego samego wieku miasto napotkały poważne zmiany Niderlandy zostały wcielone przez Francję, a miasto stało się częścią departamentu Dolnej Mozy. Po raz pierwszy od 1000 lat Tongeren nie był już związany z Liège.