Stosowana jest też nazwa angielska Maritime Self-Defense Force (MSDF).
Główny komponent operacyjny marynarki stanowią Siły Eskortowe (Goei Kantai) z dowództwem w Yokosuka, utworzone w 1961 roku, grupujące flotylle i dywizjony niszczycieli. Drugi z podstawowych komponentów operacyjnych stanowią Siły Podwodne (Sensui Kantai), utworzone w 1981 roku. Trzeci podstawowy komponent morski stanowią Siły Przeciwminowe, obejmujące też okręty desantowe. W skład Morskich Sił Samoobrony wchodzą również ich Siły Lotnicze. W 2016 roku japońska marynarka posiadała około 130 okrętów, 300 statków powietrznych i 45,3 tysiąca personelu.
Z powodów politycznych, największe okręty nawodne, stanowiące trzon marynarki, określane są w Japonii formalnie jako eskortowce (goeikan), a na zewnątrz jako niszczyciele, nosząc odpowiadające klasie niszczycieli angielskie prefiksy numerów burtowych zaczynające się od DD (). Dotyczy to też czterech niszczycieli śmigłowcowych (DDH) typów i Hyūga, które w rzeczywistości stanowią śmigłowcowce, oraz ośmiu wielkich niszczycieli rakietowych (DDG) typów Kongō, Atago i , które w literaturze bywają uznawane za krążowniki.