W czerwcu 2005 roku, po emisji odcinków programu o osobach zaginionych poświęconego Emanueli Orlandi, odebrano telefon od anonimowego informatora, który twierdził, że Emanuelę pochowano w sarkofagu w bazylice św. Apolinarego, w grobie Enrico De Pedisa. Na polecenie prokuratury otwarto grób De Pedisa, lecz nie znaleziono w nim szczątków zaginionej dziewczyny.
W maju 2012 roku oficjalny egzorcysta watykański i diecezji rzymskiej – ojciec Gabriele Amorth – stwierdził, że Emanuela została porwana przez Żandarmerię Watykańską do udziału w grupowych aktach seksualnych.
W listopadzie 2018 w podziemiu apostolskiej nuncjatury w Rzymie natrafiono na szczątki młodej kobiety, jednak nie potwierdzono, by należały one do zaginionej nastolatki.
11 lipca 2019 w związku z poszukiwaniami ciała zaginionej dziewczyny otwarto krypty niemieckich arystokratek: księżnej i księżniczki , pochowanych na cmentarzu Teutońskim przy bazylice św. Piotra. Krypty okazały się puste (nie znaleziono też ciał księżniczek). Natomiast w pobliżu tychże grobowców zostały znalezione ossuaria z kośćmi. 20 lipca 2019 w trakcie badań w ossuariach odkryto tysiące kości.