Zwolniony z niewoli w grudniu 1939 roku, przedostał się do Wilna, gdzie przebywali jego rodzice.
W Wilnie pracował jako pomocnik lekarza, asystent profesora Kornela Michejdy i doktora Jana Janowicza. Zaangażował się w działalność konspiracyjną w strukturach Armii Krajowej. Od przełomu lat 1942/1943 był lekarzem pierwszej pomocy oddziałów partyzanckich, pod pseudonimem „Burda”. Po odtworzeniu 77 pułku piechoty, w stopniu podporucznika, był lekarzem 2 batalionu kapitana Jana Borysewicza. W lipcu 1944 roku, jako szef sanitarny Zgrupowania AK „Północ”, wziął udział w operacji „Ostra Brama”.
Po wkroczeniu na Wileńszczyznę wojsk radzieckich, unikając aresztowania przez NKWD, przedostał się do Lublina. W październiku został przyjęty na ostatni rok studiów w Katedrze Medycyny Wojskowej Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej. Dyplom lekarski uzyskał w październiku 1945 roku. W stopniu porucznika pracował jako lekarz w Wojskowym Okręgowym Szpitalu w Poznaniu, gdzie zorganizował pierwszą w mieście stację krwiodawstwa.