Wśród założycieli klubu znalazły się osoby, które przed II wojną światową angażowały się w prace Pogoni Lwów.
Dzień po rejestracji klubu, 16 września 1945, Pogoń rozegrała swój pierwszy mecz przeciwko reprezentacji miejscowego garnizonu Armii Czerwonej, przegrywając 0:6. Na mecz przyszło 1,5 tysiąca widzów. Po meczu żołnierze ofiarowali piłkarzom stroje sportowe. Tydzień później Pogoń zagrała drugi mecz przeciwko sowieckim żołnierzom, tym razem przegrywając 2:6.
Zespół nie posiadał własnego lokalu klubowego ani stadionu. Członkowie urzędowali najpierw w budynku przy ul. Świerczewskiego, następnie w Powiatowym Domu Kultury przy ul. Mickiewicza. Swoje boisko klub otrzymał w 1946. W tymże roku związał się z miejscowymi Zakładami Przemysłu Bawełnianego „Frotex”, przyjmując nazwę KS Śląskich Zakładów Tekstylnych Pogoń Prądnik. Na początku lipca 1946 Pogoń Prądnik rozegrała w obecności 1000 widzów mecz towarzyski z Odrą Opole. Mecz zakończył się zwycięstwem Pogoni 5:2. Swoje pierwsze mecze ligowe Pogoń rozegrała w sierpniu 1946 w ramach rozgrywek eliminacyjnych Podokręgu Związku Piłki Nożnej w Prądniku, powołanego 21 września 1946 i obejmującego zachodnią część województwa śląskiego. Doszło do pierwszych derbów Prudnika, w których Pogoń zwyciężyła kluby Sparta i Granica.