Wyrok wykonano przed południem na Rynku Starego Miasta w Warszawie 30 marca 1689, gdzie kat ściął Łyszczyńskiemu głowę. Po egzekucji wywieziono jego zwłoki poza miasto i spalono. Inaczej przedstawia egzekucję relacja biskupa Andrzeja Chryzostoma Załuskiego:
Wyrok był uznawany przez ówczesną szlachtę za drakoński, a jak pisze Uruski, nawet u ówczesnego papieża Innocentego XI nie spotkał się z uznaniem (wysłał on do Jana III list, w którym wyrażał oburzenie wyrokiem).
Poglądy Surowo krytykował teologów, nazywając ich „rzemieślnikami słów próżnych, wykrętnymi wężami, ślepymi, widzącymi ciemność zamiast światła, nie nauczycielami, ale zwodzicielami, nie filozofami, ale oszustami, obrońcami błędów głupoty i podstępów przodków”.
Głosił koncepcję społeczeństwa bezklasowego, w którym tylko brak władzy może zapobiec wyzyskowi jednego człowieka przez drugiegoPowszechna Encyklopedia Filozofii, suplement, t. 1, s. 956–957..
Był autorem dzieła De non existentia Dei (), pierwszego polskiego traktatu filozoficznego przedstawiającego religię z perspektywy ateisty, nad którym to traktatem Łyszczyński rozpoczął pracę w roku 1674. Koronnym argumentem na rzecz ludzkiego pochodzenia religii była obecność wielu sekt i grup religijnych.