System rozgrywek EHF Liga Mistrzów piłkarzy ręcznych w sezonie 2012/2013 składa się z czterech rund: turniejów kwalifikacyjnych do fazy grupowej, fazy grupowej, fazy play-off oraz Final Four. Turnieje kwalifikacyjne: w turniejach kwalifikacyjnych uczestniczy 18 drużyn. 16 drużyn jest podzielonych na 4 grupy oraz 2, które zagrają dwumecz między sobą. Do fazy grupowej awansują cztery najlepsze drużyny, te które zajęły pierwsze w swoich grupach oraz zwycięzca dwumeczu. Faza grupowa: w fazie grupowej są rozstawione 24 drużyny, podzielone na 4 grupy po 6 zespołów. Cztery najlepsze drużyny z każdej grupy awansują do fazy play-off Faza play-off: składa się z 1/8 oraz 1/4 finału. Do Final Four awansują 4 najlepsze drużyny, które wygrają 1/4 finału. Final Four: uczestniczą w nim będą zwycięzcy 1/4 finału. Final Four składa się z półfinałów, meczu o 3. miejsce oraz finału.
Kwalifikacje
Faza grupowa
W fazie grupowej rozstawione były 24 drużyny, które zostały podzielone na 4 grupy po 6 zespołów. Cztery najlepsze drużyny z każdej grupy awansowały do fazy pucharowej.