Wrócił do klasztoru w Kupiatyczach i pozostawał jego przełożonym do 1656, gdy stanął na czele jednego z monasterów w Pińsku. W 1660 został z kolei przełożonym monasteru Zaśnięcia Matki Bożej w Owruczu, z godnością archimandryty. Pozostawał w tym klasztorze do 1671, gdy w spustoszonym przez Tatarów monasterze nie pozostał oprócz niego żaden mnich. Udał się do Monasteru Kijowsko-Pieczerskiego, po czym na polecenie metropolity kijowskiego Józefa został przełożonym monasteru w Kaniowie.
Został zamordowany w czasie najazdu tureckiego w 1678. W 1688, według tradycji, po otwarciu jego grobu okazało się, że jego ciało nie uległo rozkładowi. Przeniesiono je wówczas do cerkwi Zmartwychwstania Pańskiego w Perejasławiu. W 1713 relikwie mnicha, uznawanego za świętego, wystawiono w cerkwi monasteru św. Michała Archanioła w Perejasławiu, zaś w 1786 przeniesiono je do monasteru Wniebowstąpienia Pańskiego w tym samym mieście. Wśród prawosławnych I Rzeczypospolitej Makary Kaniowski był jednym z najbardziej czczonych świętych, obok Gabriela Zabłudowskiego, Hioba Poczajowskiego i Atanazego Brzeskiego.
W 1942 relikwie przeniesiono do cerkwi Trójcy Świętej w Czerkasach, zaś w 1965 – do soboru Narodzenia Matki Bożej w tym samym mieście.