Wskutek rozbiorów Rzeczypospolitej Tryhory razem z całą ziemią żytomierską znalazły się w granicach Imperium Rosyjskiego. W ramach stopniowej likwidacji Kościoła unickiego w tym państwie z praktyki liturgicznej klasztoru usunięto elementy pochodzenia łacińskiego (m.in. organy), zaś w latach 1839–1841 kierowano do niego najbardziej niechętnych przejściu na prawosławie duchownych unickich (Kościół prawosławny na ziemiach litewskich i białoruskich został zlikwidowany na synodzie połockim w 1839). W 1841 monaster w Tryhorach oficjalnie przyłączył się do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. W latach 1848–1852 w klasztorze wzniesiono nową cerkiew Objawienia Pańskiego, zaś w 1873 ukończono budowę nowej głównej świątyni wspólnoty – soboru Przemienienia Pańskiego. W 1842 wspólnotę zaliczono do monasterów II klasy, z szesnastoma etatamiTj. z prawem przyjmowania szesnastu braci w następującej proporcji: przełożony noszący godność archimandryty, sześciu hieromnichów, trzech hierodiakonów, dwóch mnichów bez święceń duchownych, czterech posłuszników.. Od 1883 monaster prowadził szkołę parafialną. Po 1915 na bieżeństwo do monasteru udały się mniszki klasztoru w Turkowicach.