Pod koniec sierpnia 1939 powrócił do czynnej służby wojskowej i wyznaczony na stanowisko komendanta 13 Rejonu Ochrony Pogranicza. Od końca października tego roku pełnił funkcję komendanta okupacyjnego garnizonu Poznania. Na początku września 1940 awansował na generała piechoty. W połowie marca 1941 wyznaczono go dowodzącym rejonem tyłowym i wojskami ochronnymi Grupy Armii Środek. Po ataku wojsk niemieckich na ZSRR 22 czerwca tego roku, opowiadał się za formowaniem ochotniczych oddziałów wojskowych spośród Rosjan, Białorusinów, Ukraińców i przedstawicieli innych narodów zamieszkujących Związek Radziecki.
Jednocześnie był konsekwentnym realizatorem ludobójczych planów, zwłaszcza wobec ludności żydowskiej. Rozkazem numer 1 z 7 lipca 1941 wprowadził obowiązek noszenia białych opasek z żółtą Gwiazdą Dawida przez wszystkich Żydów od lat 10. Rozkazem z dnia 21 sierpnia 1941 w celu "ścisłej kontroli za działalnością Żydów" zabronił im opuszczać swoje miejsca zamieszkania. Jednostki pod dowództwem von Schenckendorffa wyróżniały się okrucieństwem w masowej eksterminacji Żydów.
Od końca czerwca 1943 na urlopie zdrowotnym w Karpaczu. W czasie pobytu zmarł, czego przyczyną była niewydolność serca. thumb|Obwieszczenie gen. von Schenckendorff, Komendanta Wojskowego Poznania z 15.09.1939 r.