Brał udział w Badaniach nad Początkami Państwa Polskiego (1947–1951). W latach 1949–1951 był zastępcą dyrektora Naczelnej Dyrekcji Muzeów i Ochrony Zabytków przy Ministerstwie Kultury i Sztuki w Warszawie. W 1952 powrócił do Poznania i został kierownikiem Galerii Malarstwa Polskiego w Muzeum Narodowym (galeria była nazywana galerią Kępińskiego).
Zmarł w Poznaniu, pochowany 28 stycznia 1978 w Alei Zasłużonych na cmentarzu komunalnym Junikowo (AZ-P-05). mały|Grób prof. Zdzisława Kępińskiego na Cmentarzu Junikowskim w Poznaniu|230x230px
Ordery i odznaczenia Order Sztandaru Pracy II klasy (22 lipca 1952) „za zasługi położone dla Narodu i Państwa w dziedzinie kultury i sztuki”. Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski (29 października 1947) „za zasługi położone w zabezpieczeniu arcydzieł kultury polskiej”. Medal 10-lecia Polski Ludowej (25 marca 1955) - Uchwała Rady Państwa z dnia 25 marca 1955 r. nr 0/431 - na wniosek Ministra Kultury i Sztuki. Złota Odznaka „Za opiekę nad zabytkami” Odznaka Honorowa Miasta Poznania