Wydział Wiertniczo-Naftowy powołał rektor AGH prof. Kiejstut Żemaitis na podstawie zarządzenia Ministra Oświaty i Szkolnictwa Wyższego z dnia 12 lipca 1967. Był to w kolejności powstania 10 wydział tej uczelni. W skład nowego wydziału weszły Instytut Wiertnictwa Naftowego oraz Katedry Matematyki III.
W 1996 zmieniona została nazwa wydziału na obecną.
W 2007 strukturę wydziału opartą na zakładach zmieniono na katedry.
Dziekani
Lista dziekanów od powstania wydziału w 1967: prof. Jan Józef Cząstka (1967 - 1969) prof. dr hab. inż. Józef Raczkowski (1969 - 1974) doc. dr inż. Stanisław Karlic (1974 - 1981) prof. dr hab. inż. (1981 - 1984) prof. dr inż. Stanisław Franciszek Jucha (1984 - 1987) prof. dr inż. Stefan Łaciak (1987 - 1990) prof. dr hab. inż. Stanisław Rychlicki (1990 - 1996) prof. dr hab. inż. Andrzej Gonet (1996 – 1999) prof. dr hab. inż. Jakub Siemek (1999 – 2002) prof. dr hab. inż. (2002 – 2008) prof. dr hab. inż. Andrzej Gonet (2008 – 2016) prof. dr hab. inż.