28 maja 2013 Komisja Odwoławcza ds. Licencji Klubowych PZPN nie przyznała Polonii licencji na grę w Ekstraklasie w sezonie 2013/2014 z powodu zaległości finansowych. Mimo braku licencji piłkarze walczyli o jak najwyższe miejsce w lidze, ostatecznie zajmując 6 pozycję. Po zakończeniu sezonu większość zawodników rozwiązała umowy z powodu nieotrzymania zaległych pensji. 17 czerwca 2013 prezes Ireneusz Król złożył wniosek do Sądu Rejonowego dla m.st. Warszawy o upadłość likwidacyjną spółki KSP Polonia Warszawa.
Transfery Do Polonii + Jesień 2012 Nr P Nar Imię i nazwisko Wiek Z Typ Do Kwota 2 OB Wojciech Szymanek 30 Czornomoreć Odessa Wolna karta 3 OB José Isidoro 26 Real Betis Transfer 2014 6 PO Dimitrije Injac 32 Lech Poznań Transfer 2014 17 PO Diemé Yahiya 22 Górnik Wesoła Transfer 2015 ? 19 N Daniel Gołębiewski 25 Korona Kielce Powrót z wypożyczenia 20 PO Tomasz Hołota 21 GKS Katowice Transfer ? 900 tys. zł 31 BR Mariusz Pawełek 31 Konyaspor Wolna karta 2013 33 OB Siergiej Goliatkin 24 SKA-Eniergija Chabarowsk Wolna karta 2013