W grudniu 1942 otrzymał nominację na szefa duszpasterstwa 1 Samodzielnej Brygady Spadochronowej. Uczestnik walk o Arnheim i Driel w dniach 17-26 września 1944. Po walkach w Holandii przerzucony do rejonu Ravenstein nad Mozą, gdzie razem z żołnierzami Brygady brał udział w organizacji obrony prowizorycznego lotniska. Po zakończeniu działań wojennych służył w oddziałach okupacyjnych w rejonie Bersenbrück w Niemczech. Pozostawał tam do chwili demobilizacji w dniu 15 stycznia 1947.
Po zwolnieniu ze służby wojskowej ks. F. Mientki wrócił do Fryburga celem dokończenia studiów. W marcu 1948 uzyskał magisterium z teologii dogmatycznej. W tym samym roku powrócił do Polski i włączył się do prac swojego zgromadzenia zakonnego. W dniu 27 listopada 1949 został aresztowany przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa, a następnie skazany na 12 lat więzienia. Przebywał w więzieniach w Rawiczu i Wronkach. W grudniu 1956 na mocy amnestii został zrehabilitowany i zwolniony. W latach 60. i 70. XX wieku awansował kolejno na stopień majora i podpułkownika.