Od czerwca 1933 roku był sekretarzem stanu w tym ministerstwie. Rok później został sekretarzem stanu w połączonym Pruskim Ministerstwie Sprawiedliwości i Ministerstwie Sprawiedliwości Rzeszy. Był odpowiedzialny za kwestie personalne, ustawodawstwo karne i wykonywanie kar. W 1939 roku Freisler naciskał na obostrzenie ustaw oraz zwiększenie roli sądów specjalnych jako „sądów doraźnych frontu wewnętrznego”. Wziął udział w konferencji w Wannsee, w zastępstwie sekretarza stanu Franza Schlegelbergera, któremu powierzono kierowanie Ministerstwem Sprawiedliwości Rzeszy.
W sierpniu 1942 roku został mianowany przewodniczącym Trybunału Ludowego (Volksgerichtshof; zastąpił Ottona Georga Thieracka). Przewodniczył w ponad 1200 procesach przeciwników politycznych, które kończyły się niemal wyłącznie wyrokami śmierci, stąd nazywano go „wieszającym sędzią”. Wśród skazanych przez niego osób byli Hans i Sophie Schollowie, członkowie antynazistowskiej organizacji Biała Róża.