Wobec przekroczenia wieku emerytalnego przez pewien czas pracował za specjalną zgodą Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego; w październiku 1939 został przeniesiony na emeryturę przez władze radzieckie i wkrótce aresztowany pod zarzutem, że finansowo wspierał polską konspirację niepodległościową. Przebywał w więzieniu aż do wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej. Uratował się wprawdzie przed rzezią więźniów przeprowadzoną przez NKWD zbiegając wraz z ojcem Rafałem Kiernickim z więzienia Brygidki, ale kilka dni później – w nocy z 3 na 4 lipca 1941 został aresztowany przez Niemców i bez sądu zamordowany wraz z grupą 25 polskich profesorów i członków ich rodzin na Wzgórzach Wuleckich. Obok Adama Sołowija był jednym z najstarszych zamordowanych profesorów.

W 1934 został powołany na członka korespondenta Polskiej Akademii Umiejętności. Przez pewien czas pełnił funkcję prezesa Lwowskiego Towarzystwa Lekarskiego (później został jego członkiem honorowym);