Kolejnym ważnym wydarzeniem było dobudowanie na terenie kościelnym w 1928 sztucznej groty Matki Boskiej z Lourdes. Podczas II wojny światowej łazarski kościół, obok kościoła św. Wojciecha był jednym z dwóch otwartych dla Polaków. To tutaj przebywał, usunięty przez nazistów z pałacu na Ostrowie Tumskim, zastępujący przebywającego na emigracji prymasa Hlonda, abp Walenty Dymek. Również zaraz po wojnie, gdy katedra leżała w gruzach, kościół pełnił funkcję kościoła prymasowskiego. Jeszcze w 1945 kardynał Hlond dokonał w nim nominacji administratorów apostolskich diecezji na terenie Ziem Odzyskanych.
W dniu 1 kwietnia 1948 ponownie zmieniono granicę parafii, w związku z powstaniem nowych kościołów, a w roku 1990 zakończono przebudowę prezbiterium. Natomiast w 2005 miała miejsce renowacja wieży.
Opis zewnętrzny i otoczenie kościoła thumb|200px|Ażurowy hełm podczas remontu wieży w 2005 roku thumb|120px|left|Symboliczny grób ks. Jerzego Popiełuszkithumb|left|150px|Grota Matki Bożej z Lourdes Neoromańska, ceglana świątynia jest zbudowaną na planie krzyża trójnawową bazyliką. Wieża znajduje się nad wejściem głównym, od strony zachodniej, nad przecięciem nawy głównej i transeptu umieszczono sygnaturkę.