thumb|200px|Witraże w kaplicy południowej Kolejne, ciekawe witraże znajdują się w ścianach kaplic zlokalizowanych na zakończeniu ramion transeptu. Wykonał je, w stylu postmodernistycznym, w 1956, Stanisław Powalisz. Wypełniają one triforia, z których część środkowa jest wyższa. Witraże okien bocznych składają się z trzech pól kwadratowych, zwieńczonych półkolem, zaś środkowe z czterech pól prostokątnych także zakończonych półkolem. W kaplicy południowej w witrażu środkowym kwatery od góry zajmują przedstawienia: Jezusa przekazującego Apostołom mandatu udzielania chrztu rozmowę Jezusa z Nikodemem chrzest Kandaki, urzędnika etiopskiej królowej Korneliusza przyjmującego św. Piotra
Półkole zaś zajmuje Duch Święty przedstawiony jako gołębica z której wychodzą promienie. W lewym oknie od góry znajdują się: święty Wojciech święta Kunegunda święty Jacek
W prawym oknie od góry: święty Jan Kanty święta Jadwiga Królowa święty Stanisław Biskup
thumb|200px|Witraże w kaplicy północnej W kaplicy północnej w środkowej części znajdują się sceny Męki Pańskiej, od dołu: biczowanie nałożenie korony cierniowej upadek w drodze na Golgotę ukrzyżowanie całość wieńczy półkole z pelikanem karmiącym własną krwią swoje trzy pisklęta.