Zasiadał w Komisji Skarbu Państwa, Komisji Gospodarki oraz Komisji Finansów Publicznych. Po wyborach w 2005 popadł w konflikt z Romanem Giertychem, którego obarczył winą za słaby wynik wyborczy LPR. W październiku 2005 został odwołany z funkcji partyjnych i wykluczony z klubu LPR. Współtworzył następnie istniejącą do 2006 partię Forum Polskie, której był sekretarzem generalnym.
W maju 2006 zasiadł w Narodowym Kole Parlamentarnym, które we wrześniu tego samego roku współtworzyło klub parlamentarny Ruch Ludowo-Narodowy. Zygmunt Wrzodak został wiceprzewodniczącym tego klubu, jednak wkrótce go opuścił. W maju 2007 został wybrany na prezesa nowo powstałej partii katolicko-narodowej o nazwie Narodowy Kongres Polski (w grudniu 2010 została ona wykreślona z rejestru partii).
W przedterminowych wyborach parlamentarnych w 2007 bez powodzenia ubiegał się o reelekcję z listy Samoobrony RP (podobnie jak inni członkowie Narodowego Kongresu Polskiego). W 2008 bezskutecznie kandydował w wyborach uzupełniających do Senatu w okręgu krośnieńskim. Był działaczem zarejestrowanej w latach 2015–2017 partii Jedność Narodu.