Angażował się także społecznie – wraz z Václavem Havlem wystąpił z inicjatywą zwołania kongresu pisarzy w 1965 roku, występował także w obronie uwięzionych sowieckich pisarzy Andrieja Siniawskiego i Julija Daniela.
W latach 1964–1966 współtworzył pismo emigracyjne Świadectwo, w którym publikował opowiadania (pod pseudonimem Milan Štěpka) oraz cykl pt. Dopisy Světlaně o sytuacji kulturowej i politycznej w Czechosłowacji (pod pseudonimem Sirius). Pismo założył, przebywający na uchodźstwie Pavel Tigrid. W 1966 r. sekretarka Tigrida ujawniła współpracę Beneš z pismem. W sierpniu 1966 r. został aresztowany i przesłuchany przez służby bezpieczeństwa. Dzięki międzynarodowej akcji, zorganizowanej przez Amnesty International, oskarżenie Beneša przekwalifikowano na działalność wywrotową. Rozprawa sądowa odbyła się w lipcu 1967, podczas której Beneš nie ukrywał negatywnego stosunku do reżimu komunistycznego. Został skazany na 5 lat więzienia. Jednocześnie został wydalony ze Związku Pisarzy Czechosłowackich. Tylko dwoje jej członków, Hela Volanská i Václav Havel zagłosowali przeciwko. 22 marca 1968 r. prezydent Antonín Novotný udzielił mu ułaskawienia.