W połowie 1939 roku ukończono znacznie większy dok pływający o nośności 5000 t, będący największą jednostką pływającą zbudowaną w okresie II Rzeczypospolitej. Do momentu wybuchu II wojny światowej oddano do użytku również pochylnię o długości 130 m. W latach 30. kontynuowano prowadzenie remontów jednostek Floty, a także zwodowano pewną liczbę nowych okrętów i statków, w tym trzy minowce, trzy holowniki i bazę nurków. Ze względu na działania wojenne nie zrealizowano natomiast planów budowy dwóch niszczycieli typu Grom oraz znacznej liczby ścigaczy torpedowych. W trakcie kampanii wrześniowej tereny Portu Wojennego Gdynia, jak i Warsztatów Portowych Marynarki Wojennej zajęły wojska niemieckie i wykorzystywane były przez Kriegsmarine.
W okresie powojennym Warsztaty Portowe ponownie weszły w skład Portu Wojennego w Gdyni-Oksywiu, sformowanego wówczas jako Główny Port Marynarki Wojennej. Dlatego też w lecie 1945 roku otrzymały nazwę Warsztaty Remontowe Środków Pływających Głównego Portu Marynarki Wojennej. Ostatecznie w 1950 roku zakład został przekształcony w Stocznię Marynarki Wojennej. Na przestrzeni lat zaplecze techniczne powiększyło się o podnośnik mechaniczny o długości 100 m wraz z 12 stanowiskami roboczymi, ciąg sekcji płaskich oraz halę montażową.