Następnego dnia urząd prezydencki objął Aguinaldo.
Śmierć Andrésa Bonifacio thumb|left|Emilio Aguinaldo Po opuszczeniu obrad Bonifacio oraz popierający go oficerowie udali się do Naic, kontynuując politykę antyprezydencką. Na wieść o tym Aguinaldo wydał rozkaz aresztowania swojego przeciwnika i jego zwolenników. Do Limbon, w którym przebywała cała grupa spiskowców wysłano oddział wojska. Doszło do wymiany strzałów, w wyniku której Bonifacio i jego brat Procopio zostali ranni, a drugi z braci – Crispulo poniósł śmierć. Rannych przewieziono do Naic, gdzie obu postawiono przed trybunałem i skazano na karę śmierci za zdradę. Egzekucja miała miejsce dnia 10 maja, ciała straconych pochowano w płytkim grobie, przykrywając go kilkoma gałęziami.
Biak-na-Bato thumb|Andrés Bonifacio W roku 1897 Hiszpanie znacznie wzmocnili swoje siły na Filipinach, pozyskując nowych rekrutów, z pomocą których odbito większość miejscowości w Cavite. Wyparcie Katipunan umożliwiła sytuacja wewnątrz organizacji po śmierci Bonifacio. Wiele lojalnych mu miast odmówiło walki po stronie nowego prezydenta. Nie odstraszyło to jednak Aguinaldo od kontynuowania rewolucji. Oddziały rewolucjonistów pomaszerowały na północ w do Biak-na-Bato w rejonie Bulacan. Tutaj ogłoszono powstanie państwa rewolucyjnego pod nazwą Republiki Biak-na-Bato.