W sezonie 1994/95 po raz pierwszy startowała Prva nogometna liga Bosne i Hercegovine, a w 1995/96 Prva liga Republike Srpske. Do 1999 istniały 3 ligi: Bośniaków, Chorwatów bośniackich i Serbów bośniackich, w których wyłoniono swoich mistrzów. W sezonie 1999/2000 mistrzem Bośni i Hercegowiny zostawał zwycięzca play-offów rozgrywanych wśród najlepszych drużyn z lig bośniackiej i Chorwatów bośniackich. W następnym sezonie 2000/01 obie te ligi połączyły się w Premijer ligi Bośni i Hercegowiny' i zwycięzca tych rozgrywek zdobywał mistrzostwo Bośni i Hercegowiny. Do 2002 roku Republika Serbska bojkotowała Związek Piłkarski Bośni i Hercegowiny, ale nie była uznawana przez UEFA. W 2002 roku doszło do porozumienia pomiędzy Związkiem Piłkarskim Republiki Serbskiej a Związkiem Piłkarskim Bośni i Hercegowiny. Prva liga Republiki Serbskiej równolegle z Prva Liga Federacije Bosne i Hercegovine została drugim poziomem w hierarchii systemu ligowego Bośni i Hercegowiny, a zwycięzcy lig awansowały do Premijer liga Bosne i Hercegovine.