W 1463 roku, podczas wizytacji prowincjała Mikołaja Stryczka w lwowskim klasztorze, Jan poprosił o możliwość przejścia do obserwantów, podlegających pod prowincję bernardynów. Myśląc, że chodzi o wizytację Mikołaj wyraził zgodę, a ponieważ miało to miejsce przy wielu świadkach, franciszkanie konwentualni zrezygnowali z namawiania Jana do powrotu. W kościele św. Andrzeja skupił się na rozwoju duchowym, zachowując regułę św. Franciszka. W 1472 roku udał się do Poznania na kapitułę zakonu. W klasztorze lwowskim nie pełnił żadnych funkcji kierowniczych, a jedynie spowiednika i kaznodziei. W późniejszym czasie zachorował na owrzodzenie nóg i stracił wzrok. Zmarł 29 września 1484 roku we Lwowie.
Jan z Dukli w literaturze mały|235px|Stara grafika przedstawiająca cudowne ocalenie Lwowa przez Jana z Dukli w 1648 roku left|thumb|200px|Figura św. Jana z Dukli w Dukli przed kościołem Ojców Bernardynów w Dukli mały|Jan Matejko, Bohdan Chmielnicki z Tuhaj-bejem pod Lwowem, obraz Jana Matejki (na obłoku unosi się święty Jan z Dukli), 1885 Wg relacji zawartej w szkicu historycznym „Oblężenie Lwowa w roku 1648” znanego XIX-wiecznego historyka lwowskiego Ludwika Kubali, św. Jan z Dukli przyczynił się do ocalenia Lwowa.
Kult