W 1914 roku „Chester” wszedł w skład zespołu floty admirała Franka F. Fletchera, wysłanego do Meksyku w celu ochrony amerykańskich interesów. Wieczorem 21 kwietnia i następującej nocy Moffet osobiście, bez udziału miejscowego pilota, wprowadził krążownik na pozycję, skąd prowadził następnie ogień wspierający lądujące oddziały amerykańskie, pozostając pod ciągłym ostrzałem z brzegu, za co 4 grudnia 1915 roku został odznaczony Medalem Honoru. Po powrocie z Meksyku został komendantem Great Lakes Naval Training Center, w sierpniu 1916 roku awansując do stopnia komandora (Captain). W 1918 roku otrzymał dowodzenie pancernikiem „Mississippi”, na którym nadzorował instalację platform startowych dla samolotów. W tym okresie stał się zwolennikiem tezy, że przyszłością US Navy jest rozwój lotnictwa pokładowego. Przy poparciu jednego z pionierów lotnictwa marynarki, Henry'ego C. Mustina, objął w marcu 1921 roku funkcję szefa lotnictwa morskiego (Director of Naval Aviation) (otrzymując jednocześnie tymczasowy awans do stopnia kontradmirała, zatwierdzony w 1923 roku), a w lipcu został pierwszym szefem US Naval Bureau of Aeronautics (BuAer).