Pierwszy swój sezon w klubie z Rio zakończył zdobyciem przez Fluminense po 26-letniej przerwie mistrzostwa Brazylii. Carlinhos miał duży udział w tym sukcesie, strzelając 3 bramki w 27 meczach, które rozegrał w tym sezonie. W następnym sezonie zakończył sezon z Flu na trzecim miejscu w lidze.
Rok 2012 rozpoczął zdobyciem mistrzostwa stanu Rio de Janeiro – Campeonato Carioca (Carlinhos wystąpił w obu meczach finałowych z Botafogo). Rok 2012 zakończył drugim w swojej karierze mistrzostwem Brazylii. Podobnie jak w poprzednich latach Carlinhos był podstawowym zawodnikiem klubu z Rio. Dotychczas w lidze brazylijskiej rozegrał 144 spotkania, w których zdobył 6 bramek.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 2005 Santos FC
Campeonato Brasileiro Série A 10 1 2006 Santos FC
Campeonato Brasileiro Série A 14 1 2007 Santos FC
Campeonato Brasileiro Série A 19 0 2008 Santos FC
Campeonato Brasileiro Série A 2 0 2008 Cruzeiro EC
Campeonato Brasileiro Série A 9 0 2009 Mirassol
Campeonato Brasileiro Série D 3 0 2010 EC Santo André
Campeonato Brasileiro Série B 0 0 2010 Fluminense FC
Campeonato Brasileiro Série A 27 3 2011 Fluminense FC
Campeonato Brasileiro Série A 31 0 2012 Fluminense FC
Campeonato Brasileiro Série A 32 1