Z wyjątkiem H. desmarestianus występującego w północno-zachodniej Kolumbii, południowoamerykańskie karłomyszy należą do grupy gatunków anomalus w skład której wchodzą: H. anomalus, H. catopterius, H. oasicus, H. australis i H. teleus. Tylko H. australis występuje poza Ameryką Południową we wschodniej Panamie. Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World rozpoznają cztery podgatunki.
Etymologia Heteromys: heteros „inny”, różny; μυς mus, μυoς muos „mysz”. anomalus: „anomalny, nienormalny”, od gr. ανωμαλος anōmalos „nierówny, dziwny, sprzeczny”, od negatywnego przedrostka αν- an-; ομαλος omalos „równy”. brachialis: „ramienny”, od brachium „ramię”, od gr. βραχιων brakhiōn, βραχιονος brakhionos „ramię”. hershkovitzi: Philip Hershkovitz (1909–1997), amerykański zoolog. jesupi: Morris Ketchum Jesup (1830–1908), amerykański bankier, filantrop, prezes Amerykańskiego Muzeum Historii Naturalnej.
Morfologia Długość ciała (bez ogona) samic 129 mm, samców 134 mm, długość ogona samic 150 mm, samców 156 mm, długość ucha średnio 19 mm, długość tylnej stopy średnio 34 mm;