Przewidując atak turecki na Kaukazie, władze rosyjskie już wcześniej ewakuowały większość mnichów do monasteru Gelati.

Po zakończeniu działań wojennych mnisi przystąpili do odbudowy klasztoru. Zgodę na jego funkcjonowanie wydał car Aleksander II w 1879, zgadzając się równocześnie na dalsze prowadzenie przez mnichów szeroko zakrojonej działalności gospodarczej i misyjnej. Regulamin wewnętrzny klasztoru był identyczny, jak na Athosie, nazwa wspólnoty wprost odwoływała się do miejsca, z którego przybyli mnisi. Wybory przełożonych monastyru Nowy Aton miały odbywać się w macierzystym klasztorze św. Pantelejmona. Przewidziano także, że gdyby wszyscy rosyjscy mnisi musieli opuścić klasztory Athosu, zostaną przyjęci właśnie w Nowym Atonie. W 1886 syn i następca Aleksandra II, Aleksander III, osobiście odwiedził monaster, zaś jego brat Michał, namiestnik Kaukazu, otoczył wspólnotę osobistą opieką. W latach 90. XIX wieku Nowy Aton był najważniejszym prawosławnym ośrodkiem religijnym na kaukaskim wybrzeżu Morza Czarnego. 28 września 1900 miało miejsce uroczyste poświęcenie głównej świątyni klasztoru - soboru św. Pantelejmona, w którym uczestniczyło aż 300 tys. wiernych. Mnisi nie skupiali się wyłącznie na sferze religijnej, ale także zajęli się gospodarką okolicznych terenów.