Obecnie Kościół rzymskokatolicki jest największym wyznaniem Niderlandów, obejmując 25% Holendrów, w porównaniu z 40% w 1970 roku. Spada nie tylko liczba katolików, ale także spada frekwencja, wśród tych którzy identyfikują się jako katolicy. Na niedzielną mszę uczęszcza regularnie mniej niż 200 tys. osób, czyli 1,2% ludności Holandii. Większość katolików mieszka w południowych prowincjach: Brabancji Północnej i Limburgii, gdzie stanowią większość populacji. Na terenie Holandii działa także niezależny od Rzymu Kościół Starokatolicki.
Kościół Protestancki w Holandii (PKN) jest największą denominacją protestancką, do której należy 12,3% ludności. Powstał on w 2004 roku z połączenia dwóch głównych odłamów kalwinizmu. Protestanci przeważają w północnej części kraju i na wybrzeżu. W Holandii jest także wiele mniejszych grup protestanckich, takich jak: luteranie, zielonoświątkowcy i ewangelikalni.