W roku 1866 brał udział w II Synodzie Plenarnym w Baltimore. W tym czasie zaobserwowano jego pogarszające się zdrowie psychiczne (rozdrażnienie, niekonsekwencja w działaniach, objawy stresu). Za radą swych najbliższych współpracowników udał się na odpoczynek, lecz wysiłki dla poratowania zdrowia okazały się daremne. Choroba umysłowa pogłębiała się, co ostatecznie doprowadziło do odsunięcia go od rządów diecezją w dniu 14 kwietnia 1869 roku. Zamknięty został w sanatorium w Saint Louis prowadzonym przez Siostry Miłosierdzia. Oficjalna rezygnacja i mianowanie następcy nastąpiło dopiero dziesięć lat później 10 września 1880 roku. Bp. Duggan zmarł w sanatorium w roku 1899 nigdy nie odzyskawszy władz umysłowych. Pochowany został w Evanston. Dopiero w roku 2001 ciało przeniesiono do mauzoleum Mount Carmel Cementry w Hillside, gdzie spoczywają pozostali biskupi i arcybiskupi chicagowscy.
Bibliografia Encyklopedia New Advent
Kategoria:Amerykańscy biskupi katoliccy Kategoria:Archidiecezja rzymskokatolicka St. Louis Kategoria:Archidiecezja rzymskokatolicka Chicago Kategoria:Urodzeni w 1825 Kategoria:Zmarli w 1899