W latach 1933–1935 dowódca baterii w 10 Pułku Artylerii Ciężkiej w Przemyślu, po kursie w Centrum Wyszkolenia Artylerii w Toruniu został oficerem zwiadowczym pułku, a następnie dowódcą baterii szkolnej. Na stopień kapitana został mianowany ze starszeństwem z 1 stycznia 1936 i 64. lokatą w korpusie oficerów artylerii. Od 1937 pełnił służbę w Szkole Podchorążych Artylerii w Toruniu. W marcu 1939 zajmował w niej stanowisko instruktora terenoznawstwa i topografii artyleryjskiej I dywizjonu szkolnego.
W sierpniu 1939 został dowódcą baterii w 58 Dywizjonie Artylerii Lekkiej. 3 września 1939, gdy dywizjon i większa część dywizji zostały zniszczone przez korpus pancerny Guderiana pod Koronowem, Jan Wójcicki dostał się do niemieckiej niewoli koło Franciszkowa. Więziony w różnych oflagach do uwolnienia przez Amerykanów 2 maja 1945 z obozu w Lubece.