Został wówczas sekretarzem Związku Zawodowego Polskich Artystów Plastyków i publikował swoje felietony na łamach „Głosu Plastyków”. W 1937 wyjechał do Krzemieńca, gdzie uczył w tamtejszym liceum do wybuchu II wojny światowej.

Podczas okupacji wykładał na kompletach konspiracyjnych malarstwo i sztukę.

W 1945 został profesorem Wyższej Szkoły Sztuk Plastycznych w Poznaniu, w 1949 przeniósł się do Warszawy, gdzie został profesorem zwyczajnym na Akademii Sztuk Pięknych i prowadził zajęcia dla studentów i nauczycieli. W spoczynku przeszedł w 1965.

Od 1928 był mężem Anny Danuty z Czerwińskich (1903–1993), z którą mią synów: Teodora (1933–1968), poetę, i Jana Jakuba (ur. 1938).

Zmarł w Warszawie, pochowany na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 273-6-19).

Do twórczości Stanisława Szczepańskiego należało malarstwo sztalugowe, malował również martwe natury, pejzaże i portrety oraz sceny rodzajowe i malarstwo ścienne. Jego obrazy powstawały poprzez zastosowanie techniki olejnej, tempery, akwareli i gwaszu. Tworzył również scenografie teatralne.