Prawdopodobnie podczas konstrukcji jednej z bomb stracił lewe oko, dlatego nosi przydomek „jednooki”.
Walki w Afryce Północnej W 1991 wybuchła wojna domowa w Algierii i w związku z tym Bilmuchtar powrócił do ojczyzny dwa lata później, gdzie przystąpił do Zbrojnej Grupy Islamskiej (GIA), walczącej z rządem. W 1998 zaciągnął się do Salafickiej Grupa Modlitwy i Walki (GSPC), która nie poszła na ugodę z algierskimi władzami.
Islamiści ostatecznie ponieśli w 2002 porażkę w wojnie z wojskiem algierskim. Bilmuchtar zasłynął podczas konfliktu jako zdolny dowódca polowy, twardy, nieustraszony bojownik. W wyniku przegranej wojny, rebelianci ewakuowali się na południe w głąb pustyni oraz krajów Sahelu takich jak Mali, Mauretania, Niger. Wówczas GSPC przekształcono w Al-Kaidę Islamskiego Maghrebu (AQIM), która rozpoczęła rebelię w wyżej wymienionych krajach. Bilmuchtar działał głównie na pustynnych regionach północnego Mali. Utworzył tam grupę zajmującą się głównie przemytem i uprowadzaniem ludzi dla okupu. Przemycał papierosy (stąd jego drugi przydomek „Pan Marlboro”), narkotyki, kradzione samochody, diamenty, ludzi, szmuglował również broń dla ugrupowań rebelianckich w Afryce. W 2003 stał za uprowadzeniem na Saharze 32 europejskich turystów za których otrzymał 6,5 mln euro.