We wrześniu 1939 dotarł transportem do Brześcia nad Bugiem, gdzie został internowany przez Armię Czerwoną. Wiosną 1940 r. został zamordowany przez NKWD w Kalininie (obecnie Twer).

Ze związku małżeńskiego z Katarzyną Olejnik miał troje dzieci: Mieczysława, Leonarda i Irenę.

Awans pośmiertny i upamiętnienie Jan Rożek pośmiertnie został nominowany na stopień aspiranta. Nominacja została podpisana przez Ministra Obrony Narodowej Aleksandra Szczygłę decyzją nr 439/MON z dnia 5 października 2007 rokuBożena Łojek: Pośmiertne awansowanie żołnierzy i funkcjonariuszy Rzeczypospolitej Polskiej zamordowanych w 1940 r. w ZSRR w wyniku zbrodni katyńskiej, [w:] Zeszyty Katyńskie (nr 23), Warszawa 2008, s. 204–230. .

W rodzinnym Wąsowie upamiętniony nazwą ulicy.

Ordery i odznaczenia Krzyż Niepodległości – 20 grudnia 1932 „za pracę w dziele odzyskania niepodległości”. Krzyż Walecznych Medal Pamiątkowy za Wojnę 1918–1921 Krzyż Kampanii Wrześniowej – pośmiertnie 1 stycznia 1986Zarządzenie Nr 1/86 Ministra Spraw Wojskowych z 1 stycznia 1986 r. w sprawie nadania odznaki pamiątkowej „Krzyż Kampanii Wrześniowej 1939 r.” Dziennik Ustaw RP Nr 2 z 10 kwietnia 1986 r., s.