Kariera trenerska Niemal bezpośrednio po zakończeniu swojej kariery piłkarskiej rozpoczął pracę w roli trenera. Początkowo znalazł zatrudnienie jako asystent w swoim byłym zespole, Club Necaxa, gdzie współpracował ze szkoleniowcem Enrique Lópezem Zarzą. W kwietniu 2007 powrócił do ojczyzny, podejmując pierwsze wyzwanie w roli pierwszego trenera w ekipie Coronel Bolognesi z siedzibą w mieście Tacna. Tam już sezonie 2007 jego podopieczni wywalczyli tytuł wicemistrza Peru, a także po raz pierwszy w historii klubu zdołali zakwalifikować się do najbardziej prestiżowych rozgrywek południowoamerykańskiego kontynentu, Copa Libertadores, z których jednak odpadli już w fazie grupowej. Na początku 2009 roku podpisał umowę ze znacznie bardziej utytułowanym klubem, stołecznym Universitario de Deportes. W tym samym sezonie zdobył z nim swoje pierwsze mistrzostwo Peru w roli szkoleniowca, a także w oficjalnym plebiscycie został wybrany najlepszym trenerem ligi peruwiańskiej. Jego podwładnym w Universitario był między innymi jego był kolega z reprezentacji, Nolberto Solano. Dwukrotnie poprowadził drużynę w rozgrywkach Copa Libertadores – w 2009 i 2010 roku – odpadając z niego odpowiednio w fazie grupowej i ćwierćfinale.