25 zespołów z Segunda División B (2011/2012). Zespoły z pięciu najlepszych miejsc z czterech grup (oprócz drużyn rezerw) oraz pięć drużyn z największą liczbą punktów (nie wliczając drużyn rezerw). CD Tenerife CD Lugo Albacete Balompié Real Oviedo La Roda CD Mirandés SD Ponferradina SD Eibar Amorebieta UD Logroñés Atlético Baleares Orihuela Huracán Valencia CF Badalona UE Llagostera Cádiz CF Balompédica Linense Lucena Real Jaén Melilla San Roque* L’Hospitalet* Deportivo Alavés* Lleida Esportiu* Cacereño*
18 drużyn z Tercera División (2011–12). Zwycięzcy każdej z osiemnastu grup (oprócz drużyn rezerw): Ourense Caudal de Mieres Noja Laudio Prat Catarroja Fuenlabrada Real Ávila Loja Atlético Sanluqueño Constància Marino de Los Cristianos Yeclano Arroyo Peña Sport SD Logroñés Ejea Villarrobledo
1/16 finału Pierwsze mecze rozgrywane były pomiędzy 30 października a 1 listopada 2012 roku, natomiast rewanże pomiędzy 27 a 29 listopada 2012 (prócz meczu Athletic Bilbao – Eibar, który rozegrany został 12 grudnia 2012).