Pozbawienie Hüseynova funkcji okazało się jednak praktycznie niewykonalne, gdyż był on popularny wśród swoich żołnierzy, jak również popierany przez wojska rosyjskie stacjonujące w Gandży; azerski dowódca utrzymywał z rosyjskimi oficerami liczne i zażyłe kontakty.
5 lutego 1993 nowa ofensywa ormiańska w Górskim Karabachu zakończyła się przerwaniem azerskich linii obronnych, co władze kraju wykorzystały jako pretekst w sporze z Hüseynovem, oskarżając go o zdradę. Na podstawie podejrzeń o kolaborację z wrogiem w końcu lutego 1993 dowódca został usunięty ze wszystkich pełnionych funkcji, powierzając mu w zamian jedynie stanowisko dyrektora państwowego przedsiębiorstwa „Azerszerst'”. Obydwie strony publicznie formułowały wobec siebie ciężkie oskarżenia, Hüseynov twierdził nawet, że prezydent zlecił jego zabójstwo. Hüseynov pozostawał przy tym w Gandży, korzystając z obecności w mieście rosyjskiej 104. dywizji powietrznodesantowej. Została ona ewakuowana dopiero w końcu maja 1993. Przed opuszczeniem terytorium Azerbejdżanu rosyjscy żołnierze przekazali żołnierzom Hüseynova znaczną część sprzętu wojskowego. Fakt ten był przyczyną kontrowersji i spekulacji wokół motywacji przyszłego organizatora puczu i jego możliwych związków z Rosją.