W 1967 przeszedł na emeryturę, nadal jednak prowadził wykłady i kontynuował pracę naukową.
Wiktor Jakubowski uważany jest za właściwego organizatora powojennej rusycystyki krakowskiej. Był nauczycielem i mistrzem kilkuset absolwentów UJ i WSP, promotorem 11 doktoratów: Zofii Dziechciaruk, Stelli Goldgart, Janusza Henzla, Ewy Korpały-Kirszak, Ryszarda Łużnego, Władysława Piotrowskiego, Ewy Sławęckiej, Józefa Smagi, Lucjana Suchanka, Jadwigi Szymak-Reiferowej, Jadwigi Urbańskiej-Śliszowej. Jego wpływ na kształt krakowskiej rusycystyki, a pośrednio także wschodniej slawistyki, jest trudny do przecenienia.
Działalność naukowa Wiktora Jakubowskiego rozwijała się w kilku kierunkach. Po ukończeniu studiów romanistycznych miał być „pozostawiony przy uniwersytecie dla przygotowania do objęcia stanowiska profesora”, czemu przeszkodziły – i co ostatecznie odsunęły prawie o 30 lat – wydarzenia związane z rewolucją październikową. Regularną pracę naukową, popularnonaukową, wydawniczą i dydaktyczną podjął dopiero w wieku ok. 50 lat jako pracownik UJ.