Jest przeciwny podporządkowaniu Komitetu Rządowi Narodowemu. Spotkania komitetu odbywały się w jego mieszkaniu we Lwowie lub u jego przyjaciółki aktorki Anieli Aszpergerowej. 15 sierpnia 1863 komisarz Rządu Narodowego Stanisław Jarmund rozwiązał Komitet w sprawie zmiany decyzji Rodakowski jeździł do Warszawy, w listopadzie 1863 wszedł w skład Wydziału Rządu Narodowego do spraw Galicji, w grudniu miał sporo nieprzyjemności ze względu na ujawnienie działalności szpiegowskiej Zygmunta Kaczkowskiego, który pozyskiwał informacje od Rodakowskiego. Równocześnie Był obrońcą w sprawach politycznych w 1866 bronił Karola Widmana oskarżonego o zdradę stanu. W październiku 1866 w wyniku wyborów uzupełniających w Tarnopolu wszedł w skład Sejmu Krajowego na miejsce zmarłego Feliksa Reisnera. W 1867 zabiegał bezskutecznie o ponowny wybór do Sejmu. W połowie 1867 wyjechał do Konstantynopola a następnie do USA. Wyjazd był spowodowany ruiną finansową i konfiskatą przez policję austriacką znacznej sumy pieniędzy jeszcze w 1863, wyjazd był też sensacja w Galicji na tyle dużą, że rodzina zerwała z Zygmuntem wszelkie stosunki. Korespondencje i kontakty utrzymywał tylko zamieszkały w Wiedniu brat Józef.