Tak utworzony Kościół lokalny miał być zorganizowany na wzór Kościołów Serbskiego i Bułgarskiego; ustrój tychże doskonale znał Grzegorz Cambłak, sam Bułgar z pochodzenia. Biskupi zadeklarowali przy tym swój szacunek wobec wszystkich istniejących patriarchatów prawosławnych.
Opracowany na synodzie nowogródzkim porządek obsadzania katedry metropolitalnej (litewskiej, a następnie kijowskiej, obejmującej ziemie Litwy i Korony) oficjalnie pozostał w mocy do końca istnienia państwa polsko-litewskiego. Organem uprawnionym do nominowania metropolitów stał się sobór lokalny, w którym brali udział biskupi, przedstawiciele monasterów, białego duchowieństwa oraz świeckiej szlachty. Soborom (zwanym także synodami) nadano także uprawnienia w zakresie przeprowadzania różnego rodzaju zmian organizacyjnych w metropolii. Konsekwentnie wzrosła rola synodów eparchialnych, w czasie których rozpatrywano bieżące kwestie organizacyjne i personalne.