Indie W roku 1934 spotkał Rahula Sankrityayana, indyjskiego badacza nauk buddyjskich i komunistycznego działacza w walce o niepodległość Indii. Odbył z nim podróż po Tybecie i Indiach. W przeciwieństwie do teokratyczno-feudalnego Tybetu, w Indiach miał miejsce proces przemian politycznych, nasilały się walki o niepodległość. Gendun Chophel zmienił radykalnie ogląd ojczyzny i jej kultury, co ostatecznie doprowadziło do zerwania ślubów zakonnych. Odrzucił normy społeczne i zaczął wieść żywot „świętego szaleńca”: żebrzącego palacza i pijaka, odwiedzającego burdele i biblioteki.
Razem z Rahulem poszukiwał starych sanskryckich tekstów buddyjskich, które, pomimo ich zniszczenia w Indiach, przetrwały w klasztornych bibliotekach tybetańskich. Gendun Chophel był tłumaczem Rahula, a także jego pośrednikiem w zgłębianiu kultury tybetańskiej. Przeprowadzone badania ukazały mu w pełni zasięg przesądów tybetańskich, skutkujący m.in. niszczeniem starych pism buddyjskich i wykorzystywaniem ich jako kartek modlitewnych do ozdabiania ołtarzy. Współpraca z Rahulem zaowocowała dwunastoletnim pobytem Genduna Chophela w Indiach oraz kontaktami z Maha Bodhi Society, międzynarodową organizacją buddyjską. Chophel odwiedził Cejlon, by zgłębić filozofię buddyzmu Therawady.